Auke Hoekstra is oprichter en directeur van het NEON-onderzoeksprogramma, dat tot doel heeft de transitie naar emissievrije energie en mobiliteit te versnellen. Zijn onderzoek richt zich op het ontwerpen van interactieve, multi-level 'agent-based digital twins' (digitale tweelingen). Deze kunnen complexe, adaptieve sociaal-technische systemen vastleggen en interactief weergeven. Hij past deze modellen toe op beleidsvorming binnen de domeinen van koolstofarme energie, elektrische mobiliteit, vleesvervangers en precisielandbouw. Zijn domeinexpertise ligt bij de CO2-uitstoot en laadinfrastructuur van elektrische auto's en vrachtwagens, de leercurves van zon, wind, batterijen en elektrische voertuigen, en interactieve modellen voor beleidsmakers. Zijn doel is om een belangrijke bijdrage te laten leveren aan het menselijk welzijn in harmonie met de natuur, met name op het gebied van klimaat, energie, mobiliteit en voedsel.